Boateng memulakan kerjayanya di kelab remaja Tennis Borussia Berlin sebelum menyertai Hertha BSC pada tahun 2002.

Hertha

Beliau dipanggil ke skuad pertama Hertha BSC Berlin pada 31 Januari 2007. Beliau membuat debut untuk Hertha ketika menentang Hannover 96.

Boateng telah dikaitkan perpindahan ke Hamburger SV pada musim panas 2007. Disebabkan itu, menurut media Jerman, Boateng menolak tawaran untuk menandatangani kontrak lima tahun bersama Hertha.

Hamburg

Beliau berpindah ke Hamburger SV pada 22 Ogos 2007 dengan bayaran sekitar 1.1 juta euro. Boateng menghabiskan dua tahun dengan gemilang di Hamburg apabila pasukannya bermain dengan baik dan melangkah ke separuh akhir Liga Europa UEFA. Pada musim 2009-10, beliau bermain untuk pasukan Jerman selepas beraksi dengan baik untuk Hamburg. Dengan itu, beliau mendapat tempat ke Piala Dunia FIFA 2010.

Manchester City

Pada 5 Jun 2010, Manchester City mengesahkan bahawa mereka telah mengikat Boateng dengan bayaran sebanyak 10.4 juta euro dalam kontrak lima tahun dan Boateng menerima jersi nombor 17. Boateng membuat debut untuk City pada perlawanan pramusim menentang Valencia. Beliau memuat hantaran kepada Gareth Barry untuk menjaringkan gol.

Beliau tidak dapat beraksi pada minggu permulaan musim Liga Perdana selepas mengalami kecederaan ketika beraksi untuk Jerman pada perlawanan persahabatan menetang Denmark.

Beliau kembali ketika menjadi pemain gantian semasa melakar kemenangan 1-0 ke atas Chelsea onpada 25 September 2010. Boateng kemudian beraksi untuk City pada perlawanan Liga Europa menentang Juventus, seri 1-1.

Pada musim pertamanya bersama City, Boateng telah menjuarai Piala FA Inggeris 2010–11. Walau bagaimanapun, beliau tidak termasuk dalam skuad perlawanan akhir Piala FA.

Bayern Munich

Pada Jun 2011, Boateng merasakan beliau akan meninggalkna Manchester City dan akan menyertai Bayern Munich kerana beliau mengatakan bermain untuk Bayern dapat membantunya beraksi untuk pasukan kebangsaan Jerman dan meningkatkan kefahaman di bek kanan.

Pada 14 Julai 2011, Bayern Munich mengesahkan perpindahan Boateng ke kelab Jerman dengan bayaran 13.5 juta euro dalam kontrak empat tahun. Beliau menerima jersi yang sama ketika berada di Manchester Cit. Pada 27 Julai 2011, beliau membuat debut untuk Bayern selepas menggantikan Rafinha pada perlawanan Piala Audi 2011 menentang A.C. Milan.

Boateng membuat debut liga untuk Bayern ketika menumpaskan Borussia Mönchengladbach, 1-0 pada 6 Ogos 2011. Beliau menjaringkan gol pertamanya di Bundesliga pada perlawanan menentang Fortuna Düsseldorf pada 9 Mac 2013, Bayern menang 3-2. Pada 5 Disember 2012, Boateng dilayangkan kad merah ketika menentang BATE Borisov yang menyebabkan beliau digantung dua perlawanan.

Pada 2 Oktober 2013, Boateng dilayangkan kad merah menentang Manchester City dan beliau digantung satu perlawanan Liga Juara-Juara. Pada 11 Disember 2013, Boateng melanjutkan kontraknya bersama Bayern sehingga 2018.

Pada 17 September 2014, Boateng menjaringkan gol pertamanya di Liga Juara-Juara denga menjaringkan gol tunggal ke atas Manchester City, 1-0. Pada 3 Februari 2015, Boateng dilayangkan kad merah ketika menentang Schalke 04 dan beliau menerima akibat dengan digantung tiga perlawanan Bundesliga.

Boateng menjaringkan gol pada minit ke-34 pada perlawanan pusingan 16 Liga Juara-Juara menentang Shakhtar Donetsk pada 11 Mac 2015, Bayern menang 7-0.